Руни родился 24 октября 1985 года в семье разнорабочего Томаса Уэйна Руни и домохозяйки Джанетт Мэри Руни.
Уэйн с раннего детства играл в футбол на дворовых площадках, а в возрасте семи лет впервые сыграл за команду паба «Вестерн», забив в этой игре победный мяч. Впоследствии выступал за школьную команду Ливерпуля, забив за сезон 72 гола. В возрасте девяти лет, когда Руни выступал за «Копплхаус бойс» в лиге Уолтона и Керкдейла (забив 99 голов в сезоне), его заметил скаут «Эвертона» Боб Пендлтон, и пригласил Уэйна на просмотр. Скауты «Ливерпуля» также пригласили Уэйна на просмотр в «Мелвуд», однако Руни выбрал «Эвертон», подписав с «ирисками» школьный контракт.Руни быстро прогрессировал, и в 15-летнем возрасте уже выступал за команду «Эвертона» до 19 лет.
Летом 2002 года он отправился с основным составом «Эвертона» в тренировочный лагерь в Австрии для предсезонной подготовки, а 15 июля забил свой первый гол за основную команду «ирисок» в товарищеском матче против клуба «Вайц». 17 августа 2002 года дебютировал за «ирисок» в официальном матче, выйдя в стартовом составе против «Тоттенхэма». В декабре Руни получил награду лучшему молодому спортсмену 2002 года по версии BBC.
12 февраля 2003 года Руни стал самым молодым игроком сборной Англии, выйдя на поле в товарищеском матче против сборной Австралии в возрасте 17 лет и 111 дней. Уэйн также является самым молодым игроком сборной Англии, забившем гол (в возрасте 17 лет и 317 дней). Руни стал одним из самых многообещающих молодых футболистов после своего выступления на Евро 2004 в Португалии.
Из-за огромного ажиотажа, вызванного ярким выступлением Уэйна на чемпионате Европы 2004 года, «Эвертон» выступил со специальным заявлением, в котором утверждалось, что Руни не будет продан менее чем за 50 млн фунтов.
31 августа 2004 года было официально объявлено о переходе Уэйна Руни в «Манчестер Юнайтед». Сумма сделки составила около 20 млн фунтов (27 млн с учётом бонусов). Трансфер был завершён всего за несколько часов до закрытия трансферного окна.
В «Манчестер Юнайтед» Руни получил футболку с номером «8».
Для «Манчестер Юнайтед» сезон 2004/2005 сложился в целом неудачно: в Премьер-лиге команда заняла лишь 3-е место, в Кубке Футбольной лиги проиграла в полуфинале «Челси», в Лиге чемпионов вылетела в первом раунде плей-офф от «Милана», а в финале Кубка Англии уступила «Арсеналу» по пенальти. В этом сезоне Руни забил 11 голов в Премьер-лиге и 17 — во всех турнирах за «Манчестер Юнайтед» и получил награду «молодой игрок года по версии ПФА».
29 апреля 2006 года Руни получил травму на 82-й минуте матча против «Челси» на «Стэмфорд Бридж». После медицинского обследования выяснилось, что Уэйн получил перелом плюсневой кости стопы в столкновении с Паулу Феррейрой и участие Руни в чемпионате мира 2006 года находится под вопросом. Культовый статус Руни и его ключевая роль в игре национальной сборной сделали из его восстановления от травмы целую эпопею, активно освещаемую английской прессой. Руни вышел на поле на замену во второй групповой игре команды против Тринидада и Тобаго, а третью групповую игру против Швеции Уэйн начал в стартовом составе вместе с партнёром по атаке Майклом Оуэном.
Однако чемпионат мира оказался неудачным для Руни: в четвертьфинальном матче против сборной Португалии Уэйн получил красную карточку за то, что он наступил на Рикарду Карвалью, а Англия покинула турнир, уступив португальцам по в серии послематчевых пенальти.
30 июня 2007 года стало известно, что Руни будет выступать под номером «10», освободившимся после ухода нидерландского нападающего Руда ван Нистелроя в «Реал Мадрид» годом ранее. Уэйн официально получил десятый номер от бывшего нападающего «Юнайтед» и сборной Шотландии Дениса Лоу, легендарной «десятки» «Манчестер Юнайтед». 12 августа 2007 года, в первом же матче сезона 2007/08 против «Рединга», Руни получил перелом кости стопы. 2 октября Уэйн Руни забил свой первый после восстановления от травмы гол в матче группового этапа Лиги чемпионов против «Ромы». «Юнайтед» выиграл эту встречу со счётом 1:0.
4 октября 2008 года в выездном матче против «Блэкберна» Руни стал самым молодым в истории Премьер-лиги футболистом, сыгравшим двести матчей в этом турнире. Сезон 2008/09 Руни завершил с двадцатью забитыми голами во всех турнирах, включая двенадцать голов в Премьер-лиге.
25 апреля 2010 года Руни был назван игроком года по версии футболистов, а затем был признан футболистом года по версии журналистов и болельщиков, а также вошёл в символическую сборную Премьер-лиги сезона 2009/2010.
19 октября 2011 года на пресс-конференции накануне матча Лиги чемпионов против турецкого «Бурсаспора» главный тренер «Манчестер Юнайтед» Алекс Фергюсон сообщил о том, что Руни не собирается продлевать свой контракт с «Юнайтед» и хочет покинуть клуб. На следующий день Руни выступил с официальным заявлением, в котором подтвердил своё желание покинуть «Юнайтед». Однако 22 октября он продлил контракт с «Манчестер Юнайтед» до 2015 года.